«Бесконечная история 3» — самостоятельная работа в цикле фильмов по мотивам романа Михаэля Энде, не связанная напрямую сюжетом с предыдущими частями, но сохраняющая фирменную атмосферу волшебства и столкновения добра со злом, берущего начало в обычной школьной жизни. Главный антагонист картины — Слип, лидер группы хулиганов, которые постоянно задирают тихого Бастиана в школе.
Действие разворачивается в огромной подземной системе пещер, которую местные жители называют Скалой Фрэглов — мире, где время течет иначе, чем у людей, а повседневная жизнь строится вокруг игр, совместных дел и неожиданных встреч. Главные герои — маленькие пушистые фрэглы, которые почти не задумываются о заботах, тратя большую часть дня на веселье, исследования окрестностей и общение с соседями.