Действие ленты разворачивается во время Великой Отечественной войны в одном из портовых городов, оккупированных немецкими войсками. Местные жители поднимают партизанское движение, которое постоянно сорвает планы врага: взрываются военные корабли, танкеры с топливом, транспортёры с продовольствием и боеприпасами, предназначенные для поддержки немецких частей на фронте.
Фильм «Зоя» 1944 года стал одним из первых советских киноработ, посвященных подвигу юной партизанки Зои Космодемьянской, казненной немецко-фашистскими оккупантами в подмосковном поселке Петрищево. Создатели ленты опирались на достоверные свидетельства очевидцев, документы военного времени и воспоминания тех, кто знал девушку до ухода на фронт.