Действие сериала разворачивается в годы Великой Отечественной войны, когда сотрудники СМЕРШ — советской военной контрразведки — боролись с немецкими диверсантами, шпионами и изменниками Родины как на линии фронта, так и в освобожденных населенных пунктах. Герои предыдущих сезонов — капитан Павел Семенов и майор госбезопасности Алексей Ермаков — продолжают выполнять сложные и опасные задачи, но...
Даже после штурма Рейхстага и самоубийства Гитлера оставшиеся части вермахта продолжали оказывать сопротивление, не желая признавать поражение. Официальная капитуляция Германии состоялась 2 мая 1945 года в три часа дня, но за этим историческим событием стоит конкретный человек, чьи действия предопределили быстрый конец боев в столице Третьего рейха.
В новогоднюю ночь в российской воинской части раздается сигнал боевой тревоги, который перебивает все праздничные планы солдат и офицеров. Мгновенно собравшись, подразделение отправляется на неизвестное спецзадание вглубь заснеженного леса: они едут на «шишиге» по узкой колее, и только полосы света от фар пробивают кромешную темноту вокруг вековых елей.
После событий первой части франшизы Джейсон Борн, бывший оперативник секретной программы ЦРУ «Тредстоун», наконец получил возможность забыть о кровавой работе убийцы и попытаться построить нормальную жизнь. Он поселился в Индии вместе с девушкой Мари, зарабатывал на жизнь поддельными документами и не хотел иметь ничего общего с миром спецслужб, который когда-то сделал его живым оружием.