После событий первой части мутанты все еще не могут чувствовать себя в безопасности в обществе, которое считает их угрозой для обычных людей. Их положение усугубляется, когда на них нападает неизвестный противник с уникальными способностями, а инициатива по принудительной регистрации всех носителей генетических мутаций получает широкую поддержку в высших кругах власти.
