Продолжение культовой серии про Джейсона Борна переносит зрителей в другую часть вселенной секретных операций ЦРУ, где на первый план выходит Аарон Кросс — агент другой, не менее опасной правительственной программы. После того как руководство спецслужб принимает решение о ликвидации всех участников секретных проектов, Кросс оказывается в числе тех, кого объявили врагом государства.
В 1991 году, накануне операции «Буря в пустыне», американский разведывательный патруль под командованием капитана Бена Марко попадает в засаду в Кувейте. Капитан теряет сознание, а его подчиненный сержант Рэймонд Шоу, сын влиятельной сенатора, по официальной версии, вытаскивает бойцов из окружения и получает за это Медаль Почёта, становясь национальным героем.