Третья часть культовой научно-фантастической трилогии Вачовски подводит итоги масштабной истории противостояния людей и искусственного интеллекта, которая началась ещё в 1999 году. Действие разворачивается сразу после событий второго фильма, когда армия машин приближается к последнему оплоту человечества — подземному городу Зион, чьи жители из последних сил пытаются остановить неминуемое...
Мир фильма перенес зрителей в альтернативное 2017-е, где экологический кризис и перенаселение привели к введению жесточайшего демографического контроля: каждая семья имеет право на одного ребенка, а любое нарушение закона карается длительным заключением. Для супругов Бренника и Карен это правило стало роковым: после смерти их единственного сына они решили рискнуть и ждут рождения второго...