После успешного завершения миссии по ликвидации лидера «Кобры» отряд G.I. Joe думал, что опасность миновала, но против них оказался куда более коварный враг. Агент террористической организации Зартан, выдающий себя за президента США, решает избавиться от неудобных свидетелей и объявляет бойцов государственными изменниками.
