Действие разворачивается на закрытой военно-морской авиабазе, куда прибывает новейший беспилотный истребитель с встроенным искусственным интеллектом, способным самостоятельно принимать тактические решения в полете. Разработчики отправляют его на совместные вылеты с опытным пилотом, чтобы система быстро освоила все тонкости управления и адаптировалась к реальным боевым условиям.
Третья часть культовой научно-фантастической трилогии Вачовски подводит итоги масштабной истории противостояния людей и искусственного интеллекта, которая началась ещё в 1999 году. Действие разворачивается сразу после событий второго фильма, когда армия машин приближается к последнему оплоту человечества — подземному городу Зион, чьи жители из последних сил пытаются остановить неминуемое...