После событий первой части Питер Паркер уже чувствует себя увереннее в роли Человека-паука, но его личная жизнь давит все сильнее. Школьные годы подходят к концу, перед ним встает выбор: продолжать скрывать свою тайну от Гвен, которая готова строить с ним общее будущее, или сдержать обещание, данное отцу девушки, чтобы не подвергать ее опасности?
Смерть опытного агента ЦРУ во время выполнения сверхсекретного задания ставит под угрозу срыва многомесячную работу над операцией по перехвату крупной партии ядерного оружия, которое готовилось к продаже на черном рынке. Руководство спецслужбы принимает рискованное решение: завершить дело с помощью брата-близнеца погибшего, внешне неотличимого от него, чтобы противники не заподозрили подмену.