Действие сериала разворачивается сразу после событий восьмого сезона «Звездных врата: SG-1», когда археолог Дэниел Джексон расшифровывает координаты затерянного города Атлантиды, построенного древней расой Древних в галактике Пегаса. Для исследования находки доктор Элизабет Вейр собирает международную команду из учёных и военных, которые отправляются через врата в неизвестный регион космоса.
