Действие фильма разворачивается на пике Войн клонов, которые уже три года раздирают Галактическую Республику. То, что когда-то было стабильным государством с развитой демократией, постепенно превращается в поле масштабных сражений между армией клонов, подчиняющейся канцлеру Палпатину, и силами сепаратистов, возглавляемыми графом Дуку, который скрывает свою принадлежность к тайному ордену ситхов.
Третья часть культовой научно-фантастической трилогии Вачовски подводит итоги масштабной истории противостояния людей и искусственного интеллекта, которая началась ещё в 1999 году. Действие разворачивается сразу после событий второго фильма, когда армия машин приближается к последнему оплоту человечества — подземному городу Зион, чьи жители из последних сил пытаются остановить неминуемое...
Действие фильма разворачивается через 10 лет после событий, описанных в первом эпизоде саги: Галактическая Республика погружается в глубокий политический кризис, а возглавляемое графом Дуку движение сепаратистов, объединяющее сотни планет и могущественные корпоративные альянсы, готовится к открытому выходу из состава республики.